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档案整理是档案室工作中的重要内容，其对完善档案管理体系至关重要，档案整理主要是将处于零散状态和需进一步条理化的档案进行分类、组合、排列、编目，使之具有系统性与联系性的工作过程。
档案的整理应该充分利用原有的整理基础，保持文件之间的历史联系，采用合理的整理方案从而提高档案质量，便于保管和利用。
（一）档案的整理应充分利用原有的整理基础
首先要重视原有的整理基础，不轻易打乱重整。只要不是零散文件，已经整理而有规可循、有目可查，即应该力求保持其原有的整理体系。
保留原有整理体系
许多经验表明，只根据一时的需要和某种管理要求，动辄改变原来的整理体系，对档案整理一再返工，虽然有时会提高整理质量，但有时却越整越糟，甚至对档案有所损毁。对原有的整理基础要适当地吸收和保留，即使某些简单的保存和清理工作的痕迹，如原有的随手注记的年月、单位、内容和数量等标识，也应该得到重视。对于先前整理不当或有明显错误的地方，要仔细研究，掌握有关情况后再加以改动和纠正，切忌鲁莽地毁灭档案原来整理体系的原貌。
（二）档案整理保持文件之间的历史联系
潜在的历史联系
所谓文件之间的历史联系，就是文件在产生和处理过程中所形成的内部相互联系，主要表现在文件的来源、时间、内容和形式几个方面。
档案文件一般是以单件的个体形式陆续地产生，而以组合的群体形式持久地存在和运动，因此，整理时不能根据偶然的需要和人为的联系随意分合，要按照档案形成规律，保持文件在其形成者实践活动中的固有联系进行整理，如实反映历史活动的面貌。
便于保管和利用，才是档案工作的出发点
譬如，一次重要的调查活动会形成座谈记录、请示、批复、报销记录凭证等，就其内容而言，无疑有密切联系，但把这些形式不同的材料混同起来保存，显然不利于查找利用，因此不能机械地运用档案整理的做法，而是要根据情况分别整理，恰当组合，既保持档案优化联系，又便于查找和利用。
